Η κρύπτη του ναού του Αγίου Δημητρίου, μετά την ανακάλυψή της (1918),
παρέμεινε αρχαιολογικός χώρος. Μετά το 1950 μερικά από τα γλυπτά που διασώθηκαν
από την πυρκαγιά τοποθετήθηκαν από τον Στ. Πελεκανίδη στους χώρους που περιβάλλουν
την Κρήνη, σε μία προσπάθεια διευθέτησης του χώρου. Κατά το διάστημα 1985 - 88
έγιναν ανασκαφικές εργασίες στα βόρεια διαμερίσματα της Κρύπτης, εργασίες συντήρησης
και οργανώθηκε η έκθεση αρχαιοτήτων, στην οποία περιλήφθηκαν τα γλυπτά του ναού που
διασώθηκαν από την πυρκαγιά, καθώς και ανασκαφικά ευρήματα, όπως νομίσματα και κεραμική.
Τα εκθέματα εκτείνονται χρονικά από τον 5ο έως τον 14ο αι.
Τα σημαντικότερα εκθέματα του Μουσείου είναι :
- Η Κρήνη αγιάσματος και μύρου, που συνδέεται με τη λατρεία του Αγίου Δημητρίου. Διακρίνονται τρεις χρονολογικές φάσεις (4ος, 6ος και 12ος - 13ος αιώνας)
- Ο αποκαταστημένος άμβωνας του ναού του 6ου αιώνα, που είχε εντοιχισθεί τον 7ο αιώνα στο χώρο που εκτίθεται.
- Δύο παλαιοχριστιανικοί πεσσίσκοι πλαισίωσης του ιερού του 5ου αιώνα.
- Θραύσματα διακόσμησης ταφικού πιθανότατα μνημείου του 14ου αιώνα.
- Αρχιτεκτονικά γλυπτά (επίκρανα, θωράκια κ.ά.) της πρώτης φάσεως του ναού (5ος αιώνας).
- Ψηφιδωτή αφιερωματική επιγραφή από τον κατεστραμμένο από την πυρκαγιά του 1917 διάκοσμο του ναού.
- Θραύσματα εικόνων της Παναγίας από το γλυπτό διάκοσμο του ναού του 11ου και 12ου αιώνα.
- Θραύσματα κιβωρίου Αγίας Τράπεζας του 13ου αιώνα.
- Θραύσματα μεσοβυζαντινών σαρκοφάγων.
- Κιονόκρανα κορινθιάζοντα από την πρώτη φάση του ναού.
