Το Δημοτικό διαμέρισμα Σκουλουφίων αποτελείται από δύο οικισμούς, τον οικισμό
Σκουλούφια και τον οικισμό Ρούπες. Οικισμός Σκουλούφια: Το χωριό Σκουλούφια βρίσκεται 18
χιλιόμετρα ανατολικά του Ρεθύμνου, από την διακλάδωση μετά την Βιράν Επισκοπής
παλαιάς εθνικής οδού Ρεθύμνου
- Ηρακλείου. Εδώ βρίσκονται
ερείπια αρκετών Βυζαντινών εκκλησιών Οικισμός Ρούπες: βρίσκεται πάνω στον οδικό άξονα Βιράν
Επισκοπή -Ελεύθερνα.