Ο Αφάλωνας είναι χτισμένος σε υψόμετρο 100 μέτρων στις παρυφές ενός
κατάφυτου από ελιές λόφου και σε απόσταση 7 χιλιομέτρων από τη
Μυτιλήνη.
Το χωριό καταγράφεται το 1566/7 στον απολεσθέντα κώδικα της Μητροπόλεως
Μυτιλήνης. Η επιλογή της συγκεκριμένης περιοχής, ως χώρου ίδρυσης του χωριού,
πρέπει ασφαλώς να αποδοθεί στην επιθυμία των κατοίκων της εποχής εκείνης να προστατεύσουν
τη ζωή και την περιουσία τους, κινητή και ακίνητη, από τη μάστιγα της πειρατείας.
Οι παλιοί πύργοι άλλωστε που υπήρχαν στο χωριό τον ίδιο σκοπό εξυπηρετούσαν.
Το 1840, σύμφωνα με επίσημη οθωμανική φορολογική στατιστική ο Αφάλωνας
διαθέτει 109 χριστιανικές μόνο οικογένειες. Στις 23 Φεβρουαρίου του 1867 εξαιτίας
ενός ισχυρότατου σεισμού που πλήττει τη
Λέσβο,
από τα 180 σπίτια που διέθετε τότε το χωριό, δεν έμεινε όρθιο ούτε ένα. Την καταστροφή
ολοκλήρωσε μια πυρκαγιά που εκδηλώθηκε στα ερείπια των γκρεμισμένων σπιτιών, με
αποτέλεσμα να βρουν τραγικό θάνατο μέσα στα χαλάσματα 80 άτομα.
Το 1908 ο Αφάλωνας διαθέτει 220 οικογένειες και το 1928, σύμφωνα με
την πρώτη ελληνική απογραφή, 852 κατοίκους. Το 1971 ο αριθμός των κατοίκων του
πέφτει στους 642.
Ο ναός του χωριού που είναι αφιερωμένος στην Κοίμηση της Θεοτόκου,
άρχισε να κατασκευάζεται το 1914 στη θέση παλαιότερου ναού μικρότερων διαστάσεων,
με βάση σχέδιο του Αργυρίου Αδαλή, γνωστού από την οικοδόμηση της εκκλησίας του
Αγίου Θεράποντα και του καλλιμάρμαρου Γυμνασίου Μυτιλήνης. Η εκκλησία, εκτός των
άλλων, συντηρεί στα μέσα του 19ου αιώνα μαζί με τη δημογεροντία τη λειτουργία
του δημοτικού σχολείου, η ύπαρξη του οποίου αναφέρεται για πρώτη φορά το 1840.
